Program Magister Prodi Ekonomi Syariah berdiri berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 655 Tahun 2019 tentang Ijin Penyelenggaraan Pascasarjana Strata Dua (S2) pada Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri Tahun 2019(http://Ekonomi Islam-pps.iaingorontalo.ac.id/).Prodi ini dibuka pada tahun 2019. Saat ini Ketua Prodi Dr. Andi Mardiana, M.Si dibantu oleh Sekretaris Prodi Dr. Asriadi Zainuddin, S.Hi., M.H. Dosen Program Magister Prodi Ekonomi Syariah berkualifikasi akademik Doktor yang memiliki tingkat keaktifan yang tinggi dan tim solid dalam melakukan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.
Prodi ES merupakan perpanjangan tangan dari UPPS sebagai satuan pelaksana akademik yang dipimpin oleh Ketua Prodi dibantu Sekretaris Prodi. Ketua Prodi berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur. Tugas Prodi adalah menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam satu disiplin ilmu pengetahuan. Pelaksana kegiatan administrasi akademik, umum, perencanaan, dan pelaporan pada UPPS adalah Bagian Tata Usaha. Bagian Tata Usaha dipimpin oleh Kepala Sub Bagian dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur dan dibantu oleh Wakil Direktur.
Program Magister Prodi ES mempersiapkan alumni yang memiliki keahlian utama sebagai Ahli Ekonomi Syariah dan Menciptakan SDM insani dengan nilai-nilai kearifan lokal dan sinergis terhadap konsep Ekonomi Syariah serta Menyebarluaskan pengetahuan di bidang Ekonomi Syariah untuk kemaslahatan masyarakat. Guna menjamin kualitas pelayanan Prodi berjalan dengan baik, mahasiswa diberi kesempatan untuk memberikan penilaian terhadap dosen sesuai dengan kriteria/standar yang ditetapkan.Salah satu indikator kualitas mahasiswa dan keberhasilan pembelajaran dilihat dari keberhasilan alumni berkiprah di berbagai satuan kerja sesuai dengan kompetensi dan tuntutan pengguna alumni. Kompetensi lulusan didapat melalui kajian terhadap tiga unsur yaitu nilai-nilai yang dicanangkan oleh perguran tinggi (institute values), visi keilmuwan dari prodi (scientific vision), dan kebutuhan masyarakat pemangku kepentingan (need assesment).
Kurikulum telah mengacu Kerangka Kurikulum Nasional Indonesia (KKNI) yang yang menekankan acquisitionof factual knowledge. Dalam proses perancangan kurikulum, topik pembelajaran atau metodologi pembelajaran sesuai dengan visi, misi, dan tujuan. Kerangka pembelajaran menekankan nilai normatif, inspirasi,dan sikap profesional yang dilandasi oleh etika dan kejujuran ilmiah dengan meningkatkan posisi tawar dalam tataran kompetensi pengelolaan dengan perguruan tinggi lain. Mulai meningkatnya kerjasama dengan berbagai mitra strategis serta stakeholder kunci lainnya untuk percepatan pengembangan Pascasarjana, dan terbukanya kesempatan tenaga administratif untuk mengembangkan kemampuan manajerial dan teknis melalui berbagai pelatihan yang mendukung kompetensi mereka.
Perincian visi, misi, tujuan dan target Program Magister Prodi ES melibatkan pemangku kepentingan agar menjadi sangat jelas, sangat realistik serta sejalan satu samalain. Visi Program Magisteri Prodi ES yaitu” Menjadi Program Studi Magister yang unggul dan berdaya saing dalam studi Islam, sains dan budaya di bidang Ekonomi Syariah di Tingkat nasional dan internasional pada tahun 2030”. Berikut penjelasan rumusan visi tersebut:
Unggul adalah memiliki hasil yang lebih baik dibandingkan dengan Program Magister Prodi ES di luar Pascasarjana IAIN Sultan Amai Gorontalo di bidang Ekonomi Syariah.
Berdaya saing dalam studi Islam, Sains dan Budaya di bidang Ekonomi Syariah adalah Program Magister Prodi ESmampu menjawab tantangan dan perubahan zaman secara kompetitif di tingkat Regional, Nasional dan Internasional dalam studi keislaman, sains dan budaya.